El Ministerio de Industria, Comercio y Mipymes tiene sus inicios en el origen mismo de la República. En la primera Carta Magna de la Nación, en el año 1844, el Poder Ejecutivo se estructuró con cuatro secretarías y una de ellas fue el "Secretaría de Hacienda y Comercio".

Desde su creación, este Ministerio ha vivido un proceso de varios cambios, entre los cuales pasamos a resumir los más relevantes:

• En el año 1934, por disposición contenida en la Ley de Secretarías de Estado Num. 786 del referido año, se le denomina "Secretaría de Estado de Trabajo, Agricultura e Industria y Comercio".
• El 31 de mayo de 1935, mediante la Ley Num. 914, se divide en dos nuevas secretarías de Estado: "Secretaría de Agricultura y Trabajo" y "Secretaría de Estado de Comercio e Industria".
• El 4 de marzo de 1936, mediante la Ley Num. 1074, que modifica la Ley de Secretarías de Estado, se establece la "Secretaría de Estado de Agricultura" y la "Secretaría de Estado de Comercio, Industria y Trabajo" y en los artículos 2 y 3 de dicha Ley se transfieren las funciones relativas al trabajo a la Secretaría de Comercio, Industria y Trabajo.
• En los años siguientes, esta Secretaría de Estado continuó siendo objeto de nuevos cambios de denominación.
• El 15 de diciembre de 1956 se emite el Decreto Núm. 2306(bis) que, entre otros cambios, en su estructura la denomina como "Secretaría de Estado de Industria y Comercio".
• El 11 de septiembre de 1959, con el Decreto Núm. 5137 se refunden las secretarías de Estado de Agricultura y la de Industria y Comercio en una sola, con la denominación de "Secretaría de Estado de Agricultura y Comercio". Asimismo, a la "Secretaría de Estado de Trabajo", mediante el mismo decreto, se le denomina "Secretaría de Estado de Trabajo e Industria", separando en dos secretarías diferentes las funciones relativas al comercio y la industria, que en ese entonces estaban bajo la jurisdicción de una sola secretaría.
• Posteriormente, estas actividades vuelven a estar juntas El 11 de abril de 1961, mediante el Decreto Núm. 6603, se separa la regulación de las actividades comerciales e industriales de las secretarías enunciadas en el párrafo anterior y crea la Secretaria de Industria y Comercio, lo que adquiere fuerza de Ley el 30 de junio del año 1966, con la promulgación de la Ley Orgánica Núm. 290-66.·El 12 de agosto de 1966 se dicta su Reglamento Orgánico y Funcional Núm. 186, que establece la organización interna y las atribuciones específicas de cada unidad orgánica de la Secretaría de Industria y Comercio.
• En el año 1971, se crea la "Dirección General de Minería" como una dependencia de la Secretaría de Estado de Industria y Comercio, y en los años subsiguientes se crean la "Comisión Nacional de Política Minera", el "Consejo Nacional de Zonas Francas de Exportación", el "Consejo Nacional para la Energía y el Programa de Promoción y Apoyo a la Micro, Pequeña y Mediana Empresa", y se le otorga a esta Secretaría de Estado participación especial en cada una de estas nuevas instituciones. El 2 de octubre del año 2002, mediante Resolución Núm. 338-02, de esta Secretaría de Estado de Industria y Comercio, refrendada por la entonces Oficina. En año 2013 la Dirección General de Minería pasa a formar parte del Ministerio de Energía y Minas.
• El 6 febrero del 2010, mediante el decreto 56-10 cambia de nombre de Secretaría de Estado a Ministerio.
• Mediante la Ley 37-17 el El 3 de febrero de 2017, se reorganiza el Ministerio de Industria, comercio y Mipymes para que en lo adelante se denomine “Ministerio de Industria, Comercio y Mipymes”.